Por la escalera del patio de novicias se llega a la zona de celdas y a la parte alta del claustro de profesas. Desde allí se pasa a la sala de capítulo y a lo que pudo ser el chocolatero, lugar de esparcimiento de las religiosas al terminar de rezar el oficio divino. La techumbre del coro alto se define por tres bóvedas. En el nicho, que está situado en el muro frontal del acceso al coro, está depositado el corazón del obispo Santa Cruz, patrón y fundador del convento. Una graciosa escalera de caracol comunica este espacio con el coro bajo, lugar donde las religiosas asistían a misa; de ahí se desciende a la pequeña cripta en cuyos muros aún se leen algunos epitafios de monjas del siglo XIX.