El material iconográfico ahí resguardado le confiere especial valor al museo, dado que las obras de arte religioso sufrieron una particular dispersión con las reformas juaristas La entrada al convento es por el claustro, que posiblemente fue el de novicias. Este sobresale por su decoración barroca, lograda mediante la combinación de azulejos con ladrillo bajo cierta inspiración mudéjar. En la planta baja, por el ala izquierda de la entrada al museo, se encuentra una hermosa cocina con sus dos braseros, ambos azulejeados. Esta pieza comunica con la sala de profundas y con el refectorio Por esta misma sección se accede a un pasillo que comunica al otro claustro, el de profesas, y a la iglesia, la cual data probablemente de fines del siglo XVII. En uno de los lados del claustro bajo se instaló la biblioteca.