El monasterio sobrevivió a la exclaustración de las órdenes religiosas decretada por las Leyes de Reforma, gracias a que logró ser protegido o acaso pasar inadvertido durante más de 70 años. No fue sino hasta 1933 cuando, por algunas denuncias, el gobierno lo descubrió y las religiosas fueron desalojadas de manera definitiva. Actualmente es un museo de arte religioso. Este recinto es digno de visitarse por su colección, en la que se incluyen piezas de arte de los conventos de Santa Catalina y Capuchinas y varias pinturas y esculturas de importante valor artístico e histórico.