Se trabajó arduamente en el terreno para obtener el mayor provecho del área. Los edificios se ordenaron alrededor de una gran plaza rectangular, de tal manera que uno de ellos quedó aislado intencionalmente en el lado norte. Se supone que esta disposición corresponde al tipo de culto que se efectuaba en el sitio y a las deidades a las que éste se dedicaba. La escasa presencia de materiales de uso cotidiano también permite suponer que el sitio debió ser eminentemente ceremonial, por lo que las actividades que ahí se efectuaban debieron ser casi en su totalidad de carácter ritual, hecho que parece distinguir muy particularmente a Yohualichan de las otras zonas monumentales del área mesoamericana. Las construcciones de Yohualichan presentan rasgos muy característicos de las culturas de Tajín como son los alineamientos de nichos que rematan los distintos cuerpos de los basamentos piramidales. También se puede notar que parte de los nichos son dobles, es decir, que algunos de ellos contienen otro en su interior, lo cual les da un carácter más complejo, pues seguramente exigió mayor esfuerzo de los constructores. Algunos de estos elementos aún conservan restos del estuco original que los cubría. Los nichos estaban cubiertos por capas de roca plana en saledizo, característica que les confiere un aspecto muy singular. Yohualichan tuvo una vida religiosa muy activa que debió atender las necesidades de una población vasta que se distribuía en un territorio muy amplio.